Die Zeit nach dem Ende der Verhandlungen verlief für die Stadt wenig friedvoll. Ihr durch den Friedenskongress gestärktes Selbstbewusstsein vertrug sich nicht mit den Herrschaftsansprüchen des neuen, 1650 an die Macht gelangten Fürstbischofs Christoph Bernhard von Galen. Dieser bekämpfte alle Bemühungen Münsters nach Unabhängigkeit, darunter auch den Wunsch nach dem Status einer Freien Reichsstadt, mit unnachgiebiger Härte. Konnte sich die Stadt noch 1657 dank niederländischer Unterstützung nach einer Beschießung mit zweimonatiger Belagerung aus der Umklammerung retten, so musste sie vier Jahre später nach einer mehr als halbjährigen Belagerung kapitulieren. Galen hatte sogar nicht davor zurückgeschreckt, Münster beide Mal massiv zu beschießen.
Galens vorwiegend den schönen Künsten zugetane Nachfolger vermochten Stadt und Bistum zwar aus den Wirrnissen der Zeit herauszuhalten, den Schwund des politischen Einflusses Münsters konnten sie jedoch nicht aufhalten. Für das Überleben Münsters und seines Fürstbistums sollte es sich daher durchaus als vorteilhaft erweisen, sich durch die Wahl eines Wittelsbachers oder Habsburgers zum Landesherren unter den Schutz dieser mächtigen Häuser zu stellen. Für die Sicherheit zahlte man jedoch einen hohen Preis. Weil fast während des gesamten 18. Jahrhunderts die Kurfürsten von Köln zugleich als Fürstbischöfe in Münster amtierten, sich aber meistens in Bonn aufhielten, nahmen in Münster lediglich Minister ihre Amtsgeschäfte wahr. Damit hatte man den Rang einer Residenzstadt eingebüßt.
